Правилами та Положеннями внутрішнього розпорядку університету регламентується забезпечення безпечних умов навчання і праці для всіх учасників освітнього процесу. У структурі університету є інженер охорони праці, який організовує і контролює забезпечення безпечності освітнього середовища.
Усі науково-педагогічні працівники і здобувачі вищої освіти проходять інструктажі з охорони праці і протипожежної безпеки. Завідувачі навчальних, науково-дослідницьких лабораторій та навчальних майстерень перед заняттями проводять інструктажі з техніки безпеки для здобувачів вищої освіти із записом у журналі реєстрації інструктажів.
Здобувачі вищої освіти вивчають курси «Безпека життєдіяльності та основи охорони праці», «Цивільний захист», що забезпечує фахова кафедра. Під час проведення навчальних, виробничих, переддипломних практик здобувачі вищої освіти проходять інструктаж з охорони праці.
Одним із вагомих показників ефективності освітнього процесу в університеті є рівень сформованості компонентів здоров'я майбутніх фахівців, психічного здоров'я та інтелектуальний розвиток студентів. З цією метою в університеті створено: комфортні умови для раціональної організації освітнього процесу належно обладнані відповідно до сучасних вимог навчальні аудиторії, лабораторії, сучасна бібліотека, спортивний комплекс; велика розгалуженість спортивних секцій (35), які працюють у спортивному комплексі, що вміщує ігрову залу, гімнастичну залу, борцівську залу, спортивний майданчик, обладнаний під футбольне, баскетбольне та волейбольне поля, а також тренажерний майданчик; відповідне програмно-методичне забезпечення моделі здоров'я розвивальної технології, що убезпечує студентів від перевантажень, сприяє формуванню особистості безпечного типу, яка вміє піклуватися про своє здоров'я; умови для дітей з особливими потребами (пандуси, підйомники).
Вагомою є просвітницька робота зі студентами, яка спрямована на формування цінності здоров'я і здорового способу життя, профілактику і спостереження за станом здоров'я. В університеті розроблено систему заходів, з-поміж яких: вивчення індивідуальних особливостей кожного студента; виявлення перевантажень серед студентів на основі відомостей про відвідування гуртків, секцій, факультативів; відповідальність викладачів за дотримання санітарно-технічних норм. Безсумнівно, основу психічного здоров'я складає сприятливий психологічний мікроклімат у середовищі колективу університету, доброзичливість, довіра та взаємовимогливість.
Питання безпечності життя та здоров’я здобувачів вищої освіти відображені у Стратегії розвитку Вінницького державного педагогічного університету імені Михайла Коцюбинського на 2016-2021р.